Le mot « cobaye » viendrait du tupi-guarani « cabiai » . Ce nom amérindien désigne aussi une autre espèce de rongeur de la même zone géographique, le Grand cabiai ou Capybara (Hydrochaeris hydrochaeris).
Malgré leur nom, donné par les conquistadors qui s'étaient trompés de continent, les « cochons d'Inde » ne sont pas des porcs et ne viennent pas d'Inde. Son nom de cochon d'Inde vient de son cri semblable à celui du porc et du fait qu'il vienne d'Amérique du Sud appelée autrefois les Indes. À noter que son nom dans beaucoup de langues européennes signifie « lapin de mer » du fait que les premiers importateurs de l'espèce les faisaient venir par bateau.
Y'a que en France qu'on l'appel Cochon d'Inde, en anglais on dit Guinea Pig soit Cochon de Guinée, et j'avais vu je sais plus où que le pays change en fonction de la langue.