Benjamin Duhamel est le fils de Patrice Duhamel, ancien directeur général de France Télévisions, et de Nathalie Saint-Cricq, ancienne cheffe du service politique de France 2 et dont la famille est actionnaire majoritaire du groupe Nouvelle République du Centre-Ouest. Il est le neveu du médecin Jean-François Duhamel, d'Alain Duhamel, éditorialiste sur RTL et BFM TV, ainsi que de Dominique Duhamel épouse Castéra et, donc, neveu par alliance de Richard Castéra (époux de Dominique) et cousin d'Amélie Oudéa-Castéra, ministre des Sports et des Jeux olympiques et paralympiques de mai 2022 à septembre 2024 (et brièvement ministre de l'Éducation nationale et de la Jeunesse).