Si c'est le "même" bordel que ce soit via Libreoffice et un outil en ligne, c'est peut-être que ton document (sa mise en page, en forme) est pas optimale pour le convertir en pdf
Les rares fois où j'ai converti un odt en pdf, via Libreoffice, y'a jamais eu de gros soucis... Après, ce sont généralement des textes basiques, sans beaucoup de mise en page/forme