Les catholiques se basent beaucoup sur la tradition apostolique (celle des apôtres), les écrits des pères de l'Eglise et divers rites dont le culte des saints (prier la Vierge Marie, Saint-Jean, etc). Aussi c'est la hiérarchie du Vatican qui définit ce qui est "conforme" à la tradition ou non.
Les protestants n'ont pas de clergé hiérarchisé, se basent quasiment-exclusivement sur la Bible et ne prient que Dieu.
Ils se détestent parce que les catholiques pensent que Jésus a choisi l'Eglise pour transmettre son message et sauver les âmes alors que les protestants estiment que seule la foi et la lecture de la Bible peut assurer le salut. En gros que les clercs du Vatican sont des charlatans.
C'est très très très résumé mais dans les grandes lignes c'est ça.